Церковь Святого Иоанна Непомуцкого (чеш. Kostel svatého Jana Nepomuckého) – это неоготическое здание, которое было построено в середине XIX века на месте более древнего святилища. Первый строительный камень церкви был заложен в 1845 году. Поскольку здание быстро росло, колокола, перенесенные из замковой часовни, были подвешены уже 2 сентября 1846 года, а первый колокол зазвонил на следующий день. Освящение было совершено в великой славе 16 мая 1847 года кардиналом Бедржихом из Шварценберга. Костел был посвящен святому Иоанну Непомуцкому, покровителю семьи Шварценбергов, и с тех пор в Глубокой над Влтавой ежегодно отмечается паломничество в День святого Иоанна.
В 1990-х годах церковь была полностью реконструирована. Торжественной кульминацией этих длительных и дорогостоящих ремонтных работ стало торжественное освящение в 2005 году новых колоколов, отлитых в Пассау фирмой Рудольфа Пернера. Три колокола носят имена Яна Непомуцкого, Войтеха и Вацлава.
